故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出现在动画中。 动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。
演员：梶原岳人 岛崎信长 诹访部顺一 优木加奈 福山润 室元气 村瀬步 日野聪 水树奈奈 安野希世乃 松田健一郎 森川智之 小野大辅 西明日香 寺岛拓笃 鸟海浩辅 小西克幸 小林优 浪川大辅
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演员：梶原岳人 小林裕介 中井和哉 铃村健一 上条沙惠子 市道真央 悠木碧 八代拓 阪口大助 楠大典 兴津和幸 日野聪 宝龟克寿 土师孝也 鸟海浩辅 小西克幸 长岛雄一 小野大辅 古川慎 坂田将吾 Lynn 河西健吾 大原沙耶香 金元寿子 宫野真守 前野智昭 赤尾光 坂本真绫 内山夕实 钉宫理惠 松冈祯丞 乃村健次 千叶进步 岛袋美由利 大久保瑠美 小林亲弘 青山穰 安元洋贵 日笠阳子 关智一 津田健次郎 樱井孝宏 朝井彩加 小野友树 伊藤健太郎 速水奖
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演员：浪川大辅 小野大辅 小松未可子 堀江由衣 杉田智和 兴津和幸 樱井孝宏 福山润 中村悠一 泽城美雪 宫野真守 森田成一 名冢佳织 下野纮 津田健次郎 梶裕贵 饭冢昭三 佐藤聪美 钉宫理惠 大塚芳忠
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