继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：詹米·德米特鲁 娜塔希娅·德米特里欧 艾尔·罗伯茨 赫里斯托斯·斯泰尔伊约格卢 卡蒂·威克斯 基尔·史密斯·拜诺 Ellie White Jimmy Roussounis 大卫·艾弗里 Elijah Braik Tibu Fortes Alim Jayda Steve Meo Sonny Meo 汤姆·斯托顿
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演员：马洛里·约翰逊 米卡·斯托克 瑞恩·柯万腾 盖尔·兰金 Austin Smith 大卫·亚历山大·卡普兰 路易斯·坎瑟米 布洛克·布罗姆 Amethyst Davis Christopher Farrar Elizabeth Stanley 德鲁·马修斯 Cherrie McRae Britt Douyon 安托瓦内特·克罗-拉杰西 查尔斯·帕内尔 香侬·卢西奥 亚当·巴特利 索菲亚·布朗 大卫·德弗里斯 查尔斯·格林 马蒂·费拉罗
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